中巴两国间在科技领域的交流始于1963年。

1976年5月30日，两国政府在北京正式签署了科技合作协定，并于1977年1月在伊斯兰堡举行了政府间科技合作第一次会议。此后，两国政府间的科技合作会议每两年一次，轮流在两国政府首都举行，到2003年已举行16次。三十多年来，双方确定的政府间科技合作项目共457项，内容涉及农业、林业、水利、电力、机械、化工、纺织、有色金属、医药卫生、航空航天、生物技术、计算机、自动化、环境、能源、气象、海洋、地质、地震、测绘、原子能和平利用、信息以及科技政策等多个领域。合作渠道既有官方的，也有民间的。合作方式主要有信息交流、专家互访、人员培训和合作研究等。

历年来两国政府间在科技流域签署的主要协议有：

1988年11月11日 测绘科技合作协定

1992年10月30日 中国国家自然科学基金会和巴基斯坦科学基金会科学合作谅解备忘录

1993年12月28日 中国国际泥沙培训中心与巴基斯坦水资源研究委员会科技合作谅解备忘录

1996年12月1日 中国国家环保局和巴基斯坦国家环保委员会环境保护合作协议

2001年12月20日 中国科技部与巴基斯坦科技部关于建立联合研究开发基金的谅解备忘录

中巴政府间科技合作的主管机构：

中巴政府间科技合作分别由两国的科学技术部负责，双方在各自的使馆都派有科技外交官负责科技合作项目的日常联络和协调工作。中国驻巴基斯坦大使馆科技组的联络方式为：

             Science & Technology Section

             Embassy of the P. R. of China

   Diplomatic Enclave,

   Ramna 4, Islamabad, Pakistan

   Telephone: 0092-51-8355046   

   Email: rqliu0166@yahoo.com.cn